自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……本片为同名美剧的第二部剧场版。
拉里·戈普尼克（迈克尔·斯图巴 Michael Stuhlbarg 饰）是美国明尼苏达州双城区某大学的物理教授，学校正决定是否颁发给他终身教授资格时，一位韩国学生向拉里抱怨考试评分不公，遭拒绝后则向拉里行贿。与此同时，拉里的妻子朱迪斯（莎瑞·莱尼克 Sari Lennick 饰）说她爱上了鳏夫塞·艾伯曼（弗雷德·迈拉麦德 Fred Melamed 饰），要求离婚。不仅如此，拉里的无业神经质哥哥亚瑟（理查德·坎德 Richard Kind 饰）越来越成为负担，儿子的犹太成人礼在即，女儿偷钱准备为鼻子做整容手
赞佩里尼（杰克·奥康奈尔 Jack O'Connell 饰）是一位长跑运动员，他热爱这项运动，并且有幸参加了1936年的柏林奥运会。1939年，第二次世界大战爆发，踌躇满志的赞佩里尼加入军队，为祖国报效，他成为了一名空军投弹手。 一次任务中，一场意外让赞佩里尼所驾驶的战斗机于海上坠毁，他和战友们在一艘小小的救生筏上度过了艰苦而又
